Jurnalın ilk sayı 1906-cı il aprelin 7-də Tiflisdə (Tbilisi-red) çap olunub.
1906-1918-ci illərdə Tiflisdə, 1921-ci ildə Təbrizdə, 1922-1931-ci illərdə Bakıda nəşr edilib. Redaktoru və müəllifi Cəlil Məmmədquluzadə olub. 25 il ərzində 748 nömrəsi (340-ı Tiflisdə, 8-i Təbrizdə, 400-ü Bakıda) çıxıb.
“Molla Nəsrəddin” Azərbaycan xalqının mütərəqqi qüvvələrini, demokratik düşüncəli insanlarını öz ətrafında toplaya bilib. Jurnalda Ömər Faiq Nemanzadə, Mirzə Ələkbər Sabir, Əbdürrəhim bəy Haqverdiyev, Əli Nəzmi, Əliqulu Qəmküsar, Məmməd Səid Ordubadi, Mirzəli Möcüz Şəbüstəri və başqa şair, yazıçı və jurnalistlər, o cümlədən Oskar Şmerlinq, İ.Rotter, Əzim Əzimzadə kimi rəssamlar fəaliyyət göstəriblər.
“Molla Nəsrəddin” jurnalının ilk sayının üz səhifəsində verilən şəkildə yuxuya getmiş bir dəstə müsəlman təsvir olunur. Şərqin müdrik ağsaqqallarından hesab olunan Molla Nəsrəddin onları oyatmağa çalışır. Sayın ikinci səhifəsini “Sizi deyib gəlmişəm” məqaləsi bəzəyir. Sonrakı səhifələrdə satirik xəbərlər, teleqramlar, atalar sözü, “Dəllək” hekayəsi, “Lisan” bəlası felyetonu və dörd karikatura çap olunub.
Jurnal İran, Türkiyə, Misir, Hindistan, Mərakeş kimi ölkələrə də yayılaraq oradakı xalqların sosial-mədəni tərəqqisinə müsbət təsir göstərib.
“Molla Nəsrəddin” həmçinin Azərbaycan satirik rəssamlığının yaradıcısıdır. Mollanəsrəddinçi satirik qrafika əsasında Azərbaycan karikatura məktəbi yaranıb. Əzim Əzimzadə məhz “Molla Nəsrəddin” jurnalı zəminində meydana çıxıb. Milli karikatura sənətinin yaradıcısı səviyyəsinə yüksəlib.
“Molla Nəsrəddin” Azərbaycan ədəbiyyatına bir sıra parlaq imzalar bəxş edib.